Selon la DREAL, le cas des rejets discontinus ou hétérogènes est à aborder avec le labortoire en charge des prélèvements, afin de définir le protocole le plus adapté, et avec l’Inspecteur en charge de l’installation classée, pour l'informer.
La circulaire du 5 janvier 2009 prévoit, dans son annexe 5, des aménagements particuliers pour les rejets atypiques.
Pour les rejets discontinus :
"Dans le cas où il s’avérerait impossible d’effectuer un prélèvement proportionnel au débit de l’effluent, le préleveur pratiquera un prélèvement asservi au temps, ou des prélèvements ponctuels si la nature des rejets le justifie (par exemple rejets homogènes en batchs). Dans ce cas, le débit et son évolution seront estimés par le préleveur en fonction des renseignements collectés sur place (compteurs d’eau, bilan hydrique, etc). Le préleveur devra lors de la restitution préciser la méthodologie de prélèvement mise en oeuvre."
Pour les rejets hétérogènes :
"La représentativité de l’échantillon est difficile à obtenir dans le cas du fractionnement de certaines eaux résiduaires en raison de leur forte hétérogénéité, de leur forte teneur en MES ou en matières flottantes. Un système d’homogénéisation pourra être utilisé dans ces cas. Il ne devra pas modifier l’échantillon."